各位讀者好，今天為大家?guī)硪黄C合運(yùn)用網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)-多組學(xué)分析-機(jī)器學(xué)習(xí)預(yù)測-分子動(dòng)力學(xué)模擬的模式結(jié)合細(xì)胞、

動(dòng)物模型來研究透明細(xì)胞腎細(xì)胞癌（ccRCC）靶向治療與潛在機(jī)制的高分文章，

是由南京中醫(yī)藥大學(xué)附屬南通醫(yī)院、江蘇省腫瘤醫(yī)院和南京醫(yī)科大學(xué)第二附屬醫(yī)院團(tuán)隊(duì)2026年7月在Phytomedicine發(fā)表的，

題為Shiyiwei Shenqi Pian-derived quercetin reactivates apoptosis in clear cell renal cell carcinoma by 

destabilizing survivin and x-linked inhibitor of apoptosis protein"。

深入探究了十一w參芪片（SSP）中的關(guān)鍵活性成分以及其抗透明細(xì)胞腎細(xì)胞癌（ccRCC）的的核心機(jī)制，

為透明細(xì)胞腎細(xì)胞癌治療提供了全新靶點(diǎn)與候選藥物，也對開發(fā)靶向治療策略具有重要意義。

發(fā)表雜志：

《Phytomedicine》創(chuàng)刊于1994 年，旨在聚焦并推動(dòng)該領(lǐng)域的相關(guān)研究，同時(shí)為植物藥的藥理研究、

臨床藥效驗(yàn)證與安全性評價(jià)建立國j公r的科學(xué)標(biāo)準(zhǔn)。

2026 年影響因子：11.3

ISSN：0944-7113

中科院分區(qū)：大類1區(qū)醫(yī)學(xué)，小類1區(qū)植物科學(xué)1區(qū)藥物化學(xué)1區(qū)全科醫(yī)學(xué)與補(bǔ)充醫(yī)學(xué)1區(qū)藥學(xué)TOP 期刊

發(fā)文量：每年出版文章數(shù)平均約468篇

發(fā)表成本：標(biāo)準(zhǔn)APC為3630–3650 美元（不含稅費(fèi)）

審稿周期：整體中等偏快，一審大多2–3個(gè)月，審稿意見偏向嚴(yán)謹(jǐn)，注重實(shí)驗(yàn)重復(fù)性與機(jī)制邏輯閉環(huán)。

《Phytomedicine》是植物藥與天然藥物領(lǐng)域經(jīng)典TOP期刊，屬于藥學(xué)大類下的1區(qū)TOP刊物，2026最新影響因子達(dá)11.3，

自引率良好，在全球天然產(chǎn)物藥理評價(jià)體系中認(rèn)可度持續(xù)走高。期刊收稿聚焦特定植物提取物、植物藥及其單體活性成分，

覆蓋藥效評價(jià)、安全性考察、質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)控制與作用機(jī)制解析，接收臨床、藥理、藥代及毒理學(xué)方向原創(chuàng)成果。

國內(nèi)學(xué)者發(fā)表占比逐年提升，審稿規(guī)范嚴(yán)謹(jǐn)且流程透明，無苛刻的投稿壁壘，適合植物藥活性驗(yàn)證、機(jī)制挖掘，

追求高質(zhì)量成果國際曝光的科研團(tuán)隊(duì)投遞。

研究背景：

    透明細(xì)胞腎細(xì)胞癌（ccRCC）具有高轉(zhuǎn)移能力和治療抵抗性，其不良臨床預(yù)后主要源于細(xì)胞存活和凋亡通路的異常調(diào)控。

BIRC5和XIAP作為凋亡抑制蛋白（IAP）家族核心成員，通過阻斷caspase級聯(lián)反應(yīng)促進(jìn)ccRCC細(xì)胞存活，是潛在治療靶點(diǎn)。

十一w參芪片（SSP）作為傳統(tǒng)中藥復(fù)方，具有抗腫瘤活性，但其具體抗ccRCC的活性成分和分子機(jī)制尚未明確。

此外，槲皮素雖被報(bào)道對腎癌有抑制作用，但其作為SSP主要活性成分的作用及對BIRC5-XIAP蛋白相互作用的影響尚未闡明，

亟需深入研究。

    該研究旨在系統(tǒng)發(fā)現(xiàn)十一w參芪片（SSP）中的關(guān)鍵活性成分并闡明其抗透明細(xì)胞腎細(xì)胞癌（ccRCC）的作用機(jī)制。

通過整合網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、機(jī)器學(xué)習(xí)和結(jié)構(gòu)動(dòng)態(tài)模擬等多組學(xué)方法，篩選出槲皮素為SSP的主要活性成分。

研究證實(shí)槲皮素通過破壞BIRC5-XIAP抗凋亡復(fù)合物的穩(wěn)定性，加速其泛素化降解，從而重新激活caspase依賴的凋亡通路，

在體外和體內(nèi)模型中均顯著抑制ccRCC生長。

研究框架：

1.提出問題：

明確SSP抗ccRCC的關(guān)鍵活性成分及其通過調(diào)控BIRC5-XIAP復(fù)合物誘導(dǎo)凋亡的分子機(jī)制。

2. 研究框架：

采用"網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)-多組學(xué)分析-機(jī)器學(xué)習(xí)預(yù)測-分子動(dòng)力學(xué)模擬-實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證"的整合策略，從成分篩選到機(jī)制驗(yàn)證系統(tǒng)開展研究。

3. 研究方法:

結(jié)合UPLC-Q-TOF-MS成分分析、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、單細(xì)胞測序、分子對接、MD模擬、Co-IP、MST、CHX chase、

泛素化實(shí)驗(yàn)及體內(nèi)外模型驗(yàn)證。

4. 分析數(shù)據(jù)：

通過STRING構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)，CoxBoost和隨機(jī)生存森林建立預(yù)后模型，SHAP值篩選關(guān)鍵靶點(diǎn)，利用GROMACS進(jìn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬，

采用ComBat校正批次效應(yīng)。

5. 研究結(jié)論：

從SSP成分篩選發(fā)現(xiàn)槲皮素，通過分子對接和MD模擬驗(yàn)證其與BIRC5/XIAP的結(jié)合能力，證實(shí)其破壞蛋白復(fù)合物并促進(jìn)泛素化降解，

最終通過細(xì)胞和動(dòng)物模型驗(yàn)證其誘導(dǎo)凋亡和抑制腫瘤生長的作用。

結(jié)果解析：

1. SSP與ccRCC交叉靶點(diǎn)的藥理學(xué)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建與驗(yàn)證

該圖通過多數(shù)據(jù)庫整合與UPLC-Q-TOF-MS分析，系統(tǒng)構(gòu)建了SSP的活性成分-靶點(diǎn)網(wǎng)絡(luò)，篩選出179個(gè)活性分子及1569個(gè)靶點(diǎn)，

與ccRCC相關(guān)基因交叉獲得97個(gè)核心靶點(diǎn)。實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證顯示SSP提取物可劑量依賴性抑制ccRCC細(xì)胞的克隆形成和增殖能力，

為后續(xù)活性成分篩選奠定基礎(chǔ)。

2. 交叉靶點(diǎn)的拓?fù)渚W(wǎng)絡(luò)聚類與功能富集分析

基于97個(gè)交叉靶點(diǎn)構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行拓?fù)渚垲?，識別出兩個(gè)凋亡驅(qū)動(dòng)模塊。KEGG和GO富集分析顯示，

這些靶點(diǎn)主要參與PI3K-Akt、TNF等凋亡相關(guān)通路，以及細(xì)胞死亡負(fù)調(diào)控、 extrinsic凋亡信號通路等生物學(xué)過程，

證實(shí)SSP通過調(diào)控凋亡途徑發(fā)揮抗ccRCC作用。

3. 多隊(duì)列轉(zhuǎn)錄組整合與機(jī)器學(xué)習(xí)預(yù)后模型構(gòu)建

通過ComBat方法校正數(shù)據(jù)集的批次效應(yīng)后，采用CoxBoost結(jié)合隨機(jī)生存森林（RSF）構(gòu)建預(yù)后模型，

確定BIRC5為ccRCC最關(guān)鍵的預(yù)后靶點(diǎn)。該模型在訓(xùn)練集和驗(yàn)證集均表現(xiàn)出高預(yù)測 accuracy（C-index=0.812），

且BIRC5高表達(dá)與患者不良預(yù)后顯著相關(guān)。

4. SSP主要成分與BIRC5的分子對接驗(yàn)證

基于SHAP特征重要性分析確定BIRC5為核心靶點(diǎn)后，對SSP中5個(gè)主要成分進(jìn)行分子對接。

結(jié)果顯示槲皮素與BIRC5的BIR結(jié)構(gòu)域結(jié)合能最d，并通過Glu63、Cys60等關(guān)鍵殘基形成穩(wěn)定氫鍵，

提示其可能通過直接結(jié)合調(diào)控BIRC5功能。

5. BIRC5-配體復(fù)合物的分子動(dòng)力學(xué)穩(wěn)定性分析

100 ns分子動(dòng)力學(xué)模擬顯示，槲皮素-BIRC5復(fù)合物具有最d的RMSD、穩(wěn)定的Rg和SASA值，且氫鍵網(wǎng)絡(luò)持續(xù)時(shí)間最長。

自由能 landscape 分析進(jìn)一步證實(shí)槲皮素結(jié)合使BIRC5構(gòu)象更穩(wěn)定，為其作為關(guān)鍵活性成分提供結(jié)構(gòu)生物學(xué)依據(jù)。

6. BIRC5與XIAP在ccRCC中的共表達(dá)及相互作用機(jī)制

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析顯示BIRC5與XIAP在ccRCC惡性上皮細(xì)胞中高共表達(dá)，且兩者mRNA水平呈顯著正相關(guān)。

Co-IP和MST實(shí)驗(yàn)證實(shí)BIRC5與XIAP存在直接相互作用，而槲皮素可通過占據(jù)BIR3結(jié)構(gòu)域界面削弱兩者結(jié)合，

破壞其抗凋亡復(fù)合物。

7. 槲皮素誘導(dǎo)ccRCC細(xì)胞凋亡的濃度-時(shí)間效應(yīng)

CCK-8實(shí)驗(yàn)顯示槲皮素處理24 h后顯著抑制786-O和769-P細(xì)胞活力，并呈時(shí)間依賴性。TUNEL和克隆形成實(shí)驗(yàn)表明，

槲皮素可誘導(dǎo)凋亡，而BIRC5過表達(dá)能部分逆轉(zhuǎn)這一效應(yīng)，證實(shí)BIRC5是槲皮素誘導(dǎo)凋亡的關(guān)鍵靶點(diǎn)。

8. 槲皮素通過泛素化降解BIRC5/XIAP激活caspase通路

Western blot顯示槲皮素處理后BIRC5/XIAP蛋白水平降低，而mRNA無變化；CHX chase實(shí)驗(yàn)證實(shí)其蛋白半衰期縮短；

泛素化IP顯示BIRC5/XIAP泛素化水平增加。流式細(xì)胞術(shù)表明槲皮素誘導(dǎo)的凋亡可被z-VAD-fmk阻斷，

證實(shí)其通過激活caspase依賴的凋亡通路發(fā)揮作用。

9. 槲皮素在體內(nèi)通過BIRC5/XIAP軸抑制ccRCC生長

CDX模型顯示槲皮素顯著降低腫瘤體積和重量，而BIRC5過表達(dá)可部分恢復(fù)腫瘤生長。

PDX模型IHC結(jié)果顯示槲皮素處理后BIRC5/XIAP表達(dá)降低，Ki67陽性細(xì)胞減少，cleaved-caspase 3水平升高，

驗(yàn)證了其體內(nèi)抗ccRCC療效。

研究結(jié)論：

槲皮素作為十一w參芪片的主要活性成分，直接結(jié)合BIRC5和XIAP并破壞其蛋白復(fù)合物穩(wěn)定性，加速泛素化降解，

重新激活凋亡通路，有效抑制ccRCC的生長。揭示了槲皮素抗ccRCC的新機(jī)制，為其作為治療ccRCC的潛在藥物先導(dǎo)物提供了實(shí)驗(yàn)依據(jù)。

研究的創(chuàng)新性：

s次采用多組學(xué)整合策略系統(tǒng)鑒定SSP抗ccRCC的活性成分；

闡明槲皮素通過破壞BIRC5-XIAP蛋白相互作用而非單純下調(diào)表達(dá)發(fā)揮作用的新機(jī)制；在PDX模型中驗(yàn)證槲皮素靶向BIRC5/XIAP軸的治療潛力，

為中藥復(fù)方的現(xiàn)代化研究提供范例。

研究的不足之處：

未深入探討槲皮素誘導(dǎo)BIRC5/XIAP泛素化降解的具體E3連接酶機(jī)制；缺乏槲皮素在ccRCC中的藥代動(dòng)力學(xué)數(shù)據(jù)，2

5μM體外濃度與體內(nèi)暴露量的相關(guān)性需進(jìn)一步驗(yàn)證。

研究展望：

深入探索槲皮素促進(jìn)BIRC5/XIAP泛素化降解的上游E3連接酶機(jī)制；開展槲皮素與其他靶向藥物的聯(lián)合治療研究；

納入不同臨床特征的ccRCC患者樣本，驗(yàn)證槲皮素的療效異質(zhì)性；檢測槲皮素在ccRCC模型中的血漿和腫瘤組織藥物濃度，

w善藥代動(dòng)力學(xué)數(shù)據(jù)；開發(fā)槲皮素的結(jié)構(gòu)類似物，優(yōu)化其對BIRC5-XIAP復(fù)合物的結(jié)合親和力和抗腫瘤活性。

研究意義：

揭示了BIRC5-XIAP復(fù)合物作為ccRCC凋亡抵抗的關(guān)鍵調(diào)控節(jié)點(diǎn)，拓展了IAP家族蛋白相互作用的研究視角，

為中藥復(fù)方活性成分篩選和機(jī)制研究提供新思路，為ccRCC治療提供了新的候選藥物，槲皮素作為天然產(chǎn)物具有良好的安全性，

有望開發(fā)為靶向新型治療藥物。